Untuk merespons desakan kebutuhan tenaga guru Pendidikan Agama Kristen (PAK) atau Dosen yang professional serta meningkatkan mutu pelayanan para hamba Tuhan, maka sejak Tahun 2011 telah diberikan ijin penyelenggaraan Pascasarjana Program Studi Magister (S2) PAK dan telah terakreditasi oleh BAN-PT berdasarkan SK No. 119/SK/BAN-PT/Akred/M/XII/2020 tanggal 28 Maret 2015 dan reakreditasi berdasarkan SK No. 7940/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2015 tanggal 01 Desember 2020.

    Pada Tahun 2014, sesuai dengan Keputusan Dirjen Bimas Kristen Kemenag RI Nomor: DJ.III/Kep/HK.00.5/129/2014 diberikan ijin menyelenggarakan Program Studi Doktor (S3) Teologi, dan telah terakreditasi oleh BAN-PT berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 7749/SK/BAN-PT/Akred/D/XI/2020 tanggal 24 November 2020.

    Pada tahun 2018, sesuai dengan Keputusan Dirjen Bimas Kristen Kemenag RI Nomor: 485 TAHUN 2018 tertanggal 14 Nopember 2018 diberikan ijin menyelenggarakan Program Studi Magister (S2) Teologi, dan telah terakreditasi oleh BAN-PT berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 2047/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2022 tanggal 29 Maret 2022.

    Pada Tahun 2019, sesuai dengan Keputusan Dirjen Bimas Kristen Kemenag RI Nomor: 267 TAHUN 2019 tertanggal 27 Mei 2019 diberikan ijin menyelenggarakan Program Studi Magister (S2) Manajemen Pendidikan Kristen, dan telah terakreditasi oleh BAN-PT berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 12364/SK/BAN-PT/Ak-PKP/M/I/2022 tanggal 25 Januari 2022. Pada Tahun 2020, sesuai dengan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 633 TAHUN 2020 tertanggal 23 Desember 2020 diberikan ijin menyelenggarakan Program Studi Doktor (S3) Manajemen Pendidikan Kristen.